學院于1993年9月28日由中國民航總局和中國航空工業總公司共同創建成立。中共中央政治局常委、國務院副總理李嵐清同志為學院題詞，并勉勵"為發展民航事業培養優秀人才而努力奮斗"。為適應我國民航大發展的需求，2002年經教育部批準，南航大與上海航空公司聯合成立了南航大飛行學院，以“思想好、作風硬、紀律嚴、技術精、素質高、質量優”為培養目標，為航空公司培養具有本科學歷的飛行員。飛行學院招生規模從2002年的60名增加到2005年的243名。至2005年，委托學院培養飛行員的有東航、國航等五家航空公司，在籍飛行學員已達572人。